(1)去碳，去氮，解磷的功能
    水產em菌種中有益微生物如芽孢桿菌，堿桿菌屬，假單孢菌，黃桿菌等復合菌有去除水中碳，氮，磷系化合物的能力，并能轉化硫，鐵，汞，砷等有害物質。光合細菌能降解BOD的98%的含碳污水，去除總氮的66.7%，報道，光合細菌是水體中C，N，S循環的主要的參與者，可以明顯地改善水質，增加水中中的增氧，氨氮，硝氮，并使硫化物降低。
    (2)絮凝作用
    水產em菌種中有益微生物如芽孢桿菌，不動桿菌，專性厭氧的脫硫孤菌，假單孢菌，產堿桿菌，黃桿菌，無色桿菌，微球菌，動膠菌等有生物絮狀作用，互相粘連在一起，構成菌膠團，擔負氧化分解的任務將有機物結合絮狀，使重金屬離子，P元素沉淀，使水體凈化。
    (3)硝化作用
    硝化作用是微生物將水體中產生的NH3氧化成的硝酸鹽，為藻類生長提供養料，這對河流復原因有重大的意義。主要分兩個過程:第一階段是氨被氧化為亞硝酸鹽，如亞硝化桿菌，亞硝化螺菌，亞硝化球菌等，第二階段是亞硝酸鹽被氧化硝酸鹽，如:硝化桿菌，硝化球菌，硝化刺菌等。
    (4)反硝化作用
   水產em菌種中有益微生物如芽孢桿菌，短桿菌，假單桿菌都是好氧菌和兼性厭氧菌，以分子氧為載體，在供氧不充分的時間與空間，可以利用硝酸鹽為最終電子載體產生NO2-，Ｎ和氮氣，而起反硝化作用，將硝酸鹽移出系統外，提高PH。
    (5)去除淤泥
    活性碳除淤泥法是利用活性碳淤泥的微生物在好氧條件下，利用有機物開始生長，有機物部分被微生物降解，水體中的COD和BOD得到降低．日本學者在98年報道用氟石和火成巖砂吸附一種乳桿菌，用以分解蝦池底部有機淤泥，結果使有機淤泥發生量減少了1/2-1/3,H2S減少了1/3，蝦的成活率提高了10%-20%。
    (6)固氮作用
    主要是一些固氮藻類及細菌，水產em菌種中有益微生物如：固氮單胞菌屬，腸桿菌，芽孢桿菌，梭狀芽孢桿菌，光合細菌，魚腥藍細菌，苜蓿根瘤菌等，它們能把氮氣變為有機氮，為水產養殖提供餌粒和肥料，潛力很大?？偟膩碚f，生物修復技術被稱為生物處理技術的一個里程碑，是一項新興的可靠的環保技術，將會在世界范圍內日益得到重視和應用。